南京林业大学环境工程学科起源于制浆造纸、林产化工和木材加工环境保护方向。为适应环境保护事业发展的需要和学科发展的趋势，于2000年设立了环境工程专业，2001年招收首届本科生，2003年获得环境工程二级学科硕士学位授予权，2006年获得环境科学与工程一级学科硕士学位授予权，2009年获得环境工程领域专业学位(工程硕士)授予权，2011年入选江苏高校优势学科建设工程立项学科。
环境工程系目前设置有环境工程专业，由环境工程教研室和环境工程实验室支撑教学和科研工作。环境工程专业的培养目标是培养适应环境保护事业发展的要求，德智体全面发展的知识面广、专业基础厚实，掌握环境科学与工程领域内水、气、声、固体废物等污染防治的基本理论和知识，受到外语、计算机、工程设计、环境监测与评价、污染防治工程技术、环境规划与管理等方面能力以及专业工程师基本素养的训练，能在城镇规划设计部门、科研单位、学校、工矿企业等各类企事业单位和政府行政部门从事环境工程规划、咨询、设计、施工、监测、管理、教育、研究和开发等方面工作的富有创新精神和实践能力的高级工程技术人才。为了保证生产实习和毕业设计(论文)等实践教学环节的进行，环境工程专业现有校外实践教学实习基地十余个，包括江苏省环境监测中心、环境保护部南京环境科学研究所、南京市环境监测中心站、扬子石化有限责任公司、南京市江心洲污水处理厂、南京市水阁有机废弃物处理场、南京钢铁联合有限公司、南京第二热电厂等重点单位。
环境工程系现有专任教师15人，其中教授2人，副教授4人，讲师8人，实验师1人，均具有研究生学历，拥有博士学位教师9人，有国外留学经历者7人，硕士生导师6人。教师队伍中，国务院学科评议组成员1人，江苏省“六大人才高峰”计划培养对象1人，江苏省高校“青蓝工程”优秀青年骨干教师1人，入选南京“321引进计划”1人。一位中组部“千人计划”国家特聘专家作为江苏产业教授受聘环境工程系，数位企业董事长、总经理和总工受聘担任环境工程学科研究生的校外指导教师。
环境工程综合实验室、仪器分析实验室和污染控制与资源化研究实验室等几个部分组成。自环境工程实验室成立以来，学校共投资1000余万元进行实验室建设，已购置了包括气相色谱仪、高效液相色谱仪、总有机碳分析仪、离子色谱仪、原子吸收分光光度计、微生物鉴定系统、荧光/磷光/发光分光光度计、微电极研究系统、全自动比表面积和孔隙分析仪、加速溶剂萃取系统、纳米粒度及Zeta电位测定仪、全自动定氮仪和紫外分光光度计在内的分析测试仪器以及水污染控制实验系统、大气污染控制实验系统和微型挤出成型及加工测试平台等实验设备，计500多台(套)，基本满足了环境工程实验教学的要求和教师、研究生科研的需要。
环境工程学科在长期发展的基础上形成了四个稳定的富有特色的研究方向：(1) 废弃物处理与资源化技术；(2) 水污染控制理论与技术；(3) 室内污染控制理论与技术；(4) 清洁生产理论与技术。研究方向既体现了学科发展的趋势，更紧密结合我国生态环境建设的需要以及农林院校的学科特点，在制浆造纸、林产化工和木材加工领域环境保护方面具有自己的学科特色，而在纤维资源综合利用方面拥有学科优势。近年来环境工程系承担了多项包括国家自然科学基金在内的国家和省部级研究课题，部分研究成果达到了国际先进水平，多项成果实现了产业化应用，取得了较好的经济效益和社会效益。
环境工程专业本科毕业生由于德智体全面发展以及扎实的专业基础和较强的实际工作能力而普遍受到社会和企事业单位的欢迎，每届毕业生就业率接近100%；约20%的学生通过推荐免试和考试进入包括南京林业大学、浙江大学、同济大学、武汉大学、北京师范大学、北京理工大学、华东理工大学等在内的国内名校和中国科学院研究机构以及国外大学深造。环境工程学科毕业研究生中除少部分继续攻读博士学位和自主创业外，大部分在企事业单位作为骨干从事研究开发和工程应用工作，取得了较大的成绩。
