生物学优势学科建设项目由生态学和生物学两个一级学科构成，设生态学、植物学、微生物学、生物化学与分子生物学、发育生物学等学科方向，是学校人才培养和科学研究的重要组成部分。
南京林业大学生物学科源于原中央大学森林系和金陵大学森林系，1952年院系调整，建立南京林学院，郑万钧、熊文愈、李传道等老一代学者，开创了森林植物学、森林生态学和森林微生物学等学科。建校以来，学科秉承百年办学传统，弘扬“诚朴雄伟，树木树人”的精神，不断发展壮大，持续进步创新。以生物学为主干学科的森林资源与环境学院为全国教育系统先进集体。
1981年，生态学成为全国首批博士点；
1986年，植物学成为博士点；
1989年，生态学成为首批国家级重点学科；
1995年，植物学成为林业部重点学科；
2001年，设立生物学博士后流动站
2002年，生物学成为一级学科博士点；
在2012年全国第三轮高校学科评估中，生态学作为本学科主干学科单独参评位列第14名，进入前20%；生物学学科在新一轮学科排名中，相对排名比2009年提高4%。
2010-2013年，生物学获得江苏高校优势学科建设工程一期项目资助。
学科共有教授21人，副教授18人，讲师22人，教师队伍中80%具有博士学位。其中国务院学位委员会学科评议组成员1人，教育部新世纪优秀人才1人，部级突出贡献科技专家2人次、林业部跨世纪学术带头人5人次、省特聘教授1人次、省“333人才培养工程”中青年学术带头人5人次、省“青蓝工程”中青年学术带头人3人次、省“青蓝工程”青年学术骨干3人次。师资队伍年龄结构合理，各二级学科布局均衡，均拥有4名以上教授，学科之间团结协作，交叉融合，锐意创新，拥有国家级优秀教学团队和省级优秀科技创新团队各1个。
学科拥有国家林业局重点实验室2个，江苏省重点实验室1个，省部级“生态系统定位研究站”2个，省级实验教学示范中心2个，野外科研教学实验基地6个，校级研究机构7个，校企联盟5个。2005年成立国际木犀属栽培品种登录中心，拥有国际园艺协会授予的世界木犀属品种登录权，木本植物标本30余万份。学科拥有土壤水分特征曲线快速测量仪、全自动氨基酸分析仪、荧光定量PCR仪、双向电泳系统、三维扫描仪、流式细胞仪、等离子发射光谱仪等先进的仪器设备。
近年来学科开拓了一些新的研究领域，并取得了一批重要的科研成果。承担了
“森林植被对坡面水文过程与水量转化的调节机理”(“973”课题)、“人工林生态系统生物多样性和生产力关系”
(“973”课题)、“桉树、鹅掌楸转基因育种技术研究”(“863”
课题)等重大科研项目，提出了“土壤有效碳”的新概念和“微生物生长与森林凋落物生物量的非同步波动”的新理论假说，
“长江中下游山丘区森林植被恢复与重建的理论与实践”、“鹅掌楸属种间杂交育种与杂种优势产业化开发利用”和
“松材线虫分子检测鉴定及媒介昆虫防治关键技术”等科研项目获国家科技进步二等奖，“竹资源保育关键技术研究与创新”、“长三角城镇退化生境生态修复技术研究与应用”和“林木促生抗逆优良菌根真菌的作用机制及应用技术”
等科研项目获“梁希林业科学奖”。近四年获得专利28项，发表SCI、EI论文91篇。
生物学学科构建了本科、硕士、博士完整的生物学人才培养体系，形成了生态学、植物学、微生物学、生物化学与分子生物学、发育生物学5个具有鲜明特色的学科专业。30多年来，培养了数千名博士生和硕士生，造就了数以万计的本科生。许多毕业生成为学术精英，如何方良教授、邬荣领教授、骆有庆教授、葛颂研究员等。更多的毕业生则成为林业产业发展和生态建设的主力军，或成为教学、科研和管理岗位上的“佼佼者”。近四年来，学科团队成员获省优秀教学成果特等奖1项、二等奖1项，获省级精品教材2部，建成建成国家级实验教学示范中心1个、国家级精品课程1门、省级精品课程3门。这些教学成果的取得将进一步拓展优质教学资源。
