一、生态学学科下设森林生态学、林业生态工程学、微生物生态学、土壤生态学、湿地生态学等主要二级学科及研究方向
1.森林生态学（生态系统生态学）
森林生态学是研究森林生物之间及其与森林环境之间相互作用和相互依存关系的学科。主要研究方向包括我国南方重要森林生态系统结构与功能特征；森林生态系统对全球变化的响应与适应机制；森林生态系统生物多样性与进化生态；森林碳汇计量、监测与评估；森林生态系统管理与模拟；生态系统模型与生态大数据分析；城市森林结构调整与景观优化；竹林可持续经营等。
2.林业生态工程（修复生态学）
林业生态工程是根据生态学、林学及生态控制论原理，研究以木本植物为主体的人工复合生态系统的设计、建造与调控技术的学科。主要研究方向包括退化森林植被恢复与重建；喀斯特石灰岩山地植被恢复与重建；困难立地植被构建技术与理论；农林复合生态系统经营与农田生态防护林体系构建理论与技术等。
3.微生物生态学
微生物生态学是研究微生物群落结构特征、组成演变，微生物多样性及其对生态系统的调控的学科。主要研究方向包括森林生态系统微生物多样性、分布格局及其过程机制；土壤微生物群落的组成结构、功能特征及其对生态系统的调控；土壤微生物与动植物互作对生态系统健康的调控机制等。
4.土壤生态学
土壤生态学是以土壤生态系统为研究对象，研究土壤生物之间、土壤生物与非生物环境之间相互作用与关系的科学。主要研究方向包括森林结构调控与经营措施对地下生态过程的影响与机制；森林土壤生物学（土壤微生物、土壤动物、土壤根系）与生态学过程（碳、氮、磷循环）对全球变化（气候变暖、氮沉降、干旱等）的响应与适应；土壤生物多样性的维持机制等。
5.湿地生态学
湿地生态学是研究不同类型湿地生态系统结构、过程及功能的学科。主要研究方向包括我国南方地区湿地生态系统特征、形成机制和演替规律；人类活动及全球变化对湿地的干扰以及湿地生态系统响应；湿地生物多样性监测及保护；湿地退化机理与生态恢复等。
二、环境科学学科形成了4个稳定的富有特色的研究方向
1.废弃物处理与资源化利用
以农林废弃物及其加工剩余物等作为资源化对象，研究开发经济效益高、环境友好的各种高附加值产品。如利用园林废弃物等开发温室园艺植物及大田和园林植物生产的优质基质和肥料；将废弃的农林生物质材料经热解气化，同时制取可燃气、醋液、炭等产品；基于秸秆等农林废弃物研发生物炭等环境功能材料，探究其在污水处理、水质净化和土壤修复等领域的应用。
2.湿地保护与水环境修复
以沿海滩涂湿地和湖泊河流水体为研究重点，针对湿地与水体环境污染及生态退化与修复中关键科学问题开展研究。主要研究污染物在湿地与水体环境中迁移、转化和积累的环境影响，湿地动植物群落与环境演变的互应机制，退化与污染湿地的生态修复，针对农业面源污染和水体富营养化的植被缓冲带拦截与控制技术、湿地与农田生态系统管理的农业面源污染综合调控措施。
3.土壤污染修复与质量提升
针对土壤环境污染与退化问题，开展森林、农田、城镇工矿区等土壤环境污染与修复、森林土壤与全球变化、城市林业土壤污染评价与修复等方面研究。具体如森林土壤碳氮循环过程生物学和生态学过程及机理，城镇工矿区土壤重金属风险评价与治理，城镇工矿废弃地土壤污染乔灌草综合配置修复，持久性有机污染物的土壤环境行为、生物效应与控制技术等。
4.环境污染监测与防治
针对不同环境介质与生物体内的新污染物，研发快速、准确、高灵敏的检测技术；针对环境保护关键共性问题，如农药和重金属污染土壤修复、黑臭水体治理、高浓度有机工业废水处理、新污染物治理等，开展污染物产生途径、控制技术以及资源化利用全过程研究，研究各类污染物的产生机理、防治技术及其机制。基于清洁生产前端工艺处理与“碳中和”目标，探索清洁能源制备途径及其反应机理。
三、环境工程学科包含以下两个主要特色研究方向
1.水污染控制工程
研究高效去除水中污染物的物理化学和生物新方法和新技术，污水再生利用与资源化的新工艺与新装备。重点为：城镇生活污水的微污染水源水处理、市政污泥处理与资源化、污水脱氮除磷技术、膜生物反应器、农业农村污水和工业污水资源化与再生利用。
2.林业废弃物处理与资源化
研究农林废弃物及其加工剩余物的环境友好的处理工艺和资源化技术。重点为：固体废弃物资源化处理、光/暗发酵生物制氢、生物质柴油、新型能源与环境功能材料的设计与制备。
